ویروس اچ آی وی بعد از ورود به بدن در غدد لنفاوی پخش شده و در داخل سلول های دفاعی بدن (لنفوسیت ها) شروع به تکثیر می کند. در بیشتر بیماران حدود یک ماه بعد از آلودگی علائمی مثل سرماخوردگی ایجاد می شود. این علائم شامل تب، گلودرد، درد عضلات و مفاصل، تهوع و استفراغ و علائم عمومی اینچنینی هستند. این علائم در افرادی که ویروس را به واسطه تماس جنسی کسب کرده اند، به نسبت دیگران شایع تر است. واضح است که این علائم خاص نبوده و بنابراین پزشک و بیمار را مشکوک به آلودگی با ویروس اچ آی وی نمی کند. تنها در مواردی که فرد یک ماه قبل سابقه ای از تماس مشکوک داشته است و به فکر بیماری باشد می تواند به تشخیص کمک کند.
در این مرحله تعداد ویروس در گردش خون بسیار زیاد شده و توانایی انتقال بیماری بالاست. بعد از چند ماه سیستم دفاعی بدن شروع به کنترل بیماری می کند و اگرچه هرگز قادر به مهار کامل ویروس نمی شود ولی می تواند تکثیر ویروس را تا مدت ها به صورت محدود و مخفی نگه دارد. با وجود این متاسفانه ویروس بی وقفه به انتشار خود و کشتن سلول های دفاعی بدن ادامه می دهد.
اگر فرد شناسایی و درمان نشود این روند حدود ۱۰ سال ادامه می یابد و در این مدت معمولا بیماری مهلکی بیمار را تهدید نمی کند. بعد از این زمان با مرگ بیشتر سلول های دفاعی تعداد این سلول ها به حدی پایین می آید که بیماری های خطرناک و کشنده بخصوصی که به نام بیماری های مربوط به ایدز شناخته می شوند، ظرف چند ماه باعث مرگ بیمار می شوند. کسانی که در مرحله اول (مرحله بدون علامت) شناسایی می شوند، شانس این را دارند که با مصرف داروهای ضدویروس روند تکثیر ویروس و مرگ سلول های دفاعی بدن کند شده و حدود ۱۰ سال دیگر به عمرشان اضافه شود و تا شروع بیماری های مهلک مربوط به ایدز حدود ۲۰ سال دوام می آورند. بعد از شروع این بیماری ها نیز درمان بسیار موثر است و تا سال ها می توان از مرگ بیمار جلوگیری کرد.
قبل از این که به جزییات انواع بیماری های مربوط به ایدز بپردازیم، باید دوباره تاکید کنیم که به دلیل ماهیت بیماری ایدز و بی علامت بودن افراد آلوده، شناسایی مبتلایان فقط با آزمایش های دوره ای امکان پذیر است و در غیر این صورت فرد باید منتظر شروع بیماری های شدید مربوط بهایدز باشد که در آن زمان کار چندانی از پزشکان برای مهار بیماری ساخته نیست.